این مشکل برای من خیلی زیاد پیش اومده، اگر به کدهای designer نگاه کنید، همانطور که خودتون هم متوجه شدید، کنترلها تعریف شده اند، اما کنترلها به فرم اضافه نشده اند! بعبارتی آن قسمت از کدی که کنترلها را به فرم اضافه میکند، پاک شده است (!) پس یعنی خودتون باید کنترلها رو به فرم اضافه کنید، مثلا برای دکمه button1 به شکل زیر اونرو به فرم اضافه کنید:
this.Controls.Add(button1);
البته کد فوق رو بعد از comment زیر بگذارید بهتر است.
//
// Form1
//
و کدی که کنترلها را به فرم اضافه میکند، بهتر است قبل از کد زیر نوشته شود:
this.ResumeLayout(false);