سلام قربان شما هیچ اشتباهی در کدتون نیس جز این که در JDBC باید برای پارامترها علامت : رو می گذاشتین
کدت رو به این صورت تغییر بده درست میشه

public Object readFunction(String SCD_IN, long P_RANDOM_NO, long P_HCHR_CHR) {
Query query = em
.createNativeQuery("call ISC.IS_PRC_SMS_CHANGE_MAIN_V2 ( :FLG_IN, :SCD_IN, :P_RANDOM_NO, :P_HCHR_CHR, :P_ERR_OUT, :AST_OUT, :P_JANBAZ, :P_HAVE_NATIONALID )");

query.setParameter("FLG_IN2", 2);
query.setParameter("SCD_IN", SCD_IN);
query.setParameter("P_RANDOM_NO", P_RANDOM_NO);
query.setParameter("P_HCHR_CHR", P_HCHR_CHR);

return query.getSingleResult();
}