راهنمایی برای انتخاب توزیع مناسب برای کامپایل سورس کد برنامه

[shadow666]

سلام. من دارم سعی میکنم برنامه gaussian رو نصب کنم که برای رشته شیمی هست.

این برنامه بصورت سورس کد هست و باید کامپایل بشه. تو سایتش نوشته که رو نسخه های زیر نصب میشه

Red Hat Enterprise Linux 4.7, 5.3, 5.4, 5.5;
SuSE Linux 9.3, 10.3, 11.1, 11.2;
SuSE Linux Enterprise 10, 11 SP1

من نسخه های opensuse 11.2 و فدورا 10 و یه ابونتو 64 بیت دارم. ولی وقتی دستور نصبی که داره رو دنبال میکنم نصب نمیشه. مثلا یه دستور setenv داره که اصلا نمیشناسه. حالا فکر کردم شاید کامپایلرهای مناسب رو لینوکسه نیست که اینجوریه

این زوزه که دارم مناسب نیست؟ چی باید بهش اضافه کنم؟

[Open-Source]

بعضی از پکیج ها (مثلا کامپایلر ++j در ubuntu)، بصورت پیش فرض نصب نیستند و باید اونا رو نصب کنید و ممکنه که اون برنامه رو که میخواهید کامپایل کنید به اون پکیج نیاز داشته باشه.

خطایی رو که میده بزار اینجا.

در ضمن لینک سایت منبع رو بده .

[shadow666]

لینک سایت منبع که نسخه ها رو نوشته اینجا (http://linuxtoolkit.blogspot.com/2010/04/unix-binary-gaussian-09-revision-a02.html)

یه آموزش برای نصب داره که تو هات فایل با لینک مستقیم گذاشتم براتون و حجمش 75 کیلوبایته. اینجا (http://hotfile.com/dl/72637482/4738027/g09bin_2.pdf.html) (حواسم نبود هاتفایل فیل***. ضمیمه گذاشتم)

یه آموزش دیگه هم هست که توی این لینک میشه دید اینجا (http://linuxtoolkit.blogspot.com/2010/04/unix-binary-gaussian-09-revision-a02.html)

طبق آموزش رسمی خود سایت من دستورات رو وارد میکنم و بصورت عکس زیر ارور میده.

http://barnamenevis.org/forum/attachment.php?attachmentid=57349&stc=1&d=1285791048

خود فایلی هم که این ارور رو میده ضمیمه کردم. میتونین با نوت پد باز کنین کدش رو ببینین. ممنون

[Open-Source]

این Error ها اینطور نشون میده که فایل مورد نظر شما مشکل داره.
فایل رو از کجا گرفتی؟
MD5 رو چک کردی؟

این لینک رو ببین(برای ubuntu توضیح داده):

http://wiki.ubuntuforums.org/showthread.php?p=9833660

[shadow666]

این لینکی که شما دادین رو من قبلا خونده ام. یارو خیلی جای ساده تری گیر کرده و به بالاترش نرسیده.

این برنامه حدود 2500 دلار هست که متاسفانه ایران هم تحریمه و نمیشه هیچ جوره تهیه اش کرد. خودم این برنامه رو تو تورنت پیداش کردم .این که شما گفتین فایله ایراد داره فکر نکنم باشه. فکر کنم من یه جایی دارم اشتباه میکنم.

MD5 هم نظری ندارم چیه. چی هست؟

[Babak.Hassanpour]

ایراد کار شما در اینه که دارید از روش نصب نسخه باینری (از پیش کامپایل شده) ؛ برای نصب نسخه خودتون که سورس کد فورترن هست استفاده می کنید.
ضمنا مطمئنم که کامپایلر PGI Fortran (http://www.pgroup.com/) روی سیستمتون نصب نیست.
نسخه لینوکسی با ویندوزی برای پی سی خانگی تفاوت سرعت مشهودی نداره.(از من قبول بفرمایید)
روش نصب نسخه سورس کدی رو ضمیمه کردم.
در کل چون می دونم غیر از خودم کسی کمکی بهتون نمی کنه براتون آرزوی صبر دارم.
موفق باشید.

[shadow666]

آقا شما ظاهرا اولین نفری هستین که درباره برنامه اطلاع دارین. خودتون قبلا این نسخه رو نصب کردین؟

از کجا میشه فهمید که نسخه ام باینری هست یا سورس کد؟

اون کامپایلر رو هم نصب نکردم و الان میرم تو کارش. نسخه لینوکسی 09 رو برای این نصب میکنم که اولا نسخه ویندوزیش رو گیر نیاوردم و دوما نسخه 03 از تمام هسته های سی پی یو استفاده نمیکنه .

[shadow666]

آقا واسه گرفتن PGI Fortran (http://www.pgroup.com/) مشکل دارم. تو سایتش که ایمیل های جیمیل و یاهو و هات میل رو قبول نمیکنه و منم چیز دیگه ای ندارم!

نسخه ای که از سایت دیگه گیر آوردم اینه که حجمش بالاست و دانلودش طول میکشه. ببینین همین رو باید بگیرم؟


http://flmsdown.net/software/535887-pgi-workstation-complete-109-x86x64.html

دوست عزیز اگه کمکم کنین خیلی ممنون میشم. من این برنامه رو باید برا سه تا از دکترهای دانشگاه اراک نصب کنم.ایشالله از شرمندگیتون در بیام.

[Babak.Hassanpour]

از پسوند فایل می تونید متوجه بشید که سورس دارید یا باینری.به عکس زیر دقت کنید:
http://barnamenevis.org/forum/attachment.php?attachmentid=57399&stc=1&d=1285848819
------------------
نسخه ای لینکش رو گذاشتین برای سیستم 64 بیتیه.اگر سیستم هاتون 64 بیتی هستند بگیریدش.
توصیه اکید می کنم به دنبال نصب از روی سورس کد نباسید.چون گویا تجربه کافی در زمینه لینوکس ندارید.
از نسخه باینری G09 استفاده کنید.
--------------------------
بله من این برنامه رو برای اساتید دانشگاه رشت نصب کردم.

[shadow666]

آقا من تو فایلام هیچ فایلی با پسوند F نیستش. عکس فایلا رو براتون میذارم. ولی فکر نکنم سورس باشه. چون پر از فایل exe هست.

http://barnamenevis.org/forum/attachment.php?attachmentid=57400&stc=1&d=1285849131
----------------------

شما نسخه 09 باینری رو دارین؟اگه دارین و بتونین یه جوری آپلودش کنین هر جوری که بخواین جبران میکنم.

من برا نصب این برنامه زیر فشار زیادی هستم. یه لطفی کنین تا آخرش با من باشین. الان PGI Fortran (http://www.pgroup.com/) رو برای دانلود گذاشتم تا دو ساعت دیگه دانلود میشه.ممنونم

[Babak.Hassanpour]

نسخه ای که عکسش رو گذاشتید نسخه باینریه.
مراحل نصبتون رو از اول چک کنید.
مطمئن باشید یک حای کار دارید اشتباه می کنید.مشکل از توزیع یا نسخه گوسین نیست
ترجیحا از راهنمای سایت سازنده اقدام کنید.
به مراحا ایجاد فایل login. و افزودن اون به بش پروفایلتون مشکوکم.
setenv بسته به شلی که توزیعتون داره متفاوته.

[Babak.Hassanpour]

بسته به اینکه توزیع تون از چه شلی استفاده میکنه دستور مناسب رو بکار ببرید:
etenvs از دستورات cshell هست.پس یا cshell نصب کنید یا حالا که به احتمال 99% بش دارید؛پس از دومی استفاده کنید.


csh:
setenv GAUSS_EXEDIR $g03root/g03

bash/ksh:
export GAUSS_EXEDIR=$g03root/g03

sh:
GAUSS_EXEDIR=$g03root/g03;export GAUSS_EXEDIR



دوست عزیز اطلاعات اولیه شما از لینوکس خیلی کمه.این امر در هنگام استفاده از برنامه خودش رو بیشتر نشون خواهد داد.بهتره با نسخه ویندوزیش کار بکنید.گول تبلیغات سرعت بالاتر رو هم نخورید.از بنده که همه اینها رو تست کردم قبول بفرمایید. جدی عرض می کنم.نسخه لینوکسی برای کاربری عادی گوسین هیچ مزیتی نسبت به نسخه ویندوزی نداره.

[shadow666]

خب آقا اون PGI که دانلود کردم توش دو تا فایل exe هست یکی برای 32 و یکی برای 64 که ظاهرا برای ویندوزه. تو لینوکس نمیشه نصبش کرد دیگه درسته؟

من هر چی نسخه ازش گیر میارم نوشته هم برای ویندوزه هم لینوکس هم مک. اگه شما بتونی یه لینک بهم بدی ممنون میشم.

اون PGI نباشه برنامه اجرا نمیشه دیگه درسته؟

حالا تا اونو دانلود کنم یه بار دستوراتی که مینویسم رو براتون بگم. فرض کنین یه پوشه به اسم gaussian تو home درست کردم و برنامه رو که اسم پوشه اش g09 هست رو داخل اون گذاشتم.


su
/bin/csh
setenv g09root /shadow/gaussian
chgrp -R users g09
./bsd/install
setenv GAUSS_SCRDIR /shadow/gaussian/g09
# .login commands
source $g09root/g09/bsd/g09.login
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
./g09.exeتوزیع من opensuse 11.2 هست.


یه توضیح اضافه کنم که من پست آخر شما رو نخونده بودم که اینا رو نوشتم. الان دارم مال شما رو تست میکنم.

بعد یه دلیل دیگه ای که دارم اینه که خواهرم از این برنامه استفاده میکنه. تو ران های آخری که میذاشت بعد از چند ساعت ارور میگرفت. چون از input خودش مطمئن بود گفت حتما ویندوزه کم میاره. gussian 03 نسخه ویندوزی داشت که فقط از 2 هسته cpu استفاده میکرد. اصرار من هم واسه اینه. وگرنه اگه gussian 09 نسخه ویندوز باشه که صد در صد از اون استفاده میکنم.


از کمکتون خیلی ممنون:قلب:

[Babak.Hassanpour]

در مورد فایل input ذکر این نکته حائز اهمیته که کاراکتر انتهای خط (EOL ) در ویندوز و لینوکس متفاوته.ازین رو اینپوت هایی که در ویندوز درست می شن توی لینوکس جواب نمی دهند.(و بر عکس).

[shadow666]

دوست عزیز یه مقدار تو نصب این pgi موندم. فقط نصب این یه نکته ای داشت که فایل زیپ اون رو باید تو فولدر /tmp/opt مثلا بذاری که نصب بشه. گوسین اینجوری نیست؟؟

من الان نصبش کردم ولی مرحله بعدش که لایسنس دادن اینا بود یکم سخت بود که باید روش کار کنم.لایسنس نداده باشم خودش به صورت تریال کار نمیکنه؟؟

[Babak.Hassanpour]

در حالت باینری به کامپایلر نیازی نیست.
شما لایبریری ها رو از مسیر گوسین به پوشه lib/ کپی کنید.

[shadow666]

دوست عزیز لایبرری گوسین نمیدونم کدوماست

آقا یه درخواست دارم ازتون. چون خودتون هم بچه های رشته شیمی هستین یه آموزش نصب گوسین تو لینوکس رو بنویسین برامون
از اول که چه کارا باید بشه تا الی آخر. من الان تمام کارا رو دارم طبق دستورالعمل اصلی انجام میدم
اما اون قسمت آخری که گفته دستور

export g09root GAUSS_SCRDIR گفته که یه جایی بذارین که فضا داشته باشین و طول میکشه اما برای من هیچی نمیشه.

چند پست قبل که دستورها رو نوشته بودم اگه میشه همونو ویرایش کنین و بگین قبل و بعدش هم چه کار کنیم که نصب بشه.

لینکهای برنامه هم میذارم

[Babak.Hassanpour]

لایبریری ها فایل هایی با پسوند o و so هستند که در پوشه گوسین وجود دارند.
پوشه اسکرچ فایل هم جاییه که گوسین فایل های موقتی شو اونجا میریزه.طبیعتا به حجم زیادی احتیاج داره.

یک کتاب دارم در این مورد و موارد دیگه که به computational chemistry مربوط میشه می نویسم.

[shadow666]

آقا هیچی فایل o , so نداره.

این کتابتون کی آماده میشه؟ میشه یه لطفی بکنین دستورای زیر رو تصحیح کنین؟ بگین چی اضافه و کم بشه؟


su
/bin/csh
setenv g09root /shadow/gaussian
chgrp -R users g09
./bsd/install
setenv GAUSS_SCRDIR /shadow/gaussian/g09
# .login commands
source $g09root/g09/bsd/g09.login
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
./g09.exe

[Babak.Hassanpour]

نصب گوسین چیزی فراتر از انجام مو به موی دستور العمل سایت سازنده اش نداره.فقط این بین کمی دقت و آشنایی با مفاهیم گنو لینوکس لازمه.برای همین داشتن دستورالعمل برای کاربر نا آشنا کاری از پیش نمی بره.
مثل اینه که شما فرمول سنتز یه ماده رو روی کاغذ با تمام جزئیات استرئو شیمی؛ ترکیب درصد مواد و ... داشته باشید ولی از شیمی چیزی ندونید.

[Babak.Hassanpour]

دستورات login. در کنسول نباید نوشته بشن.در یک فایل با همین نام قرار گرفته و به پروفایل کاربر اضافه می شوند.
در مورد فایل های لایبریری چون من نسخه باینری g09 رو ندارم ؛ ولی در g03 همچین فایل هایی وجود دارند.احتمالا نسخه ای که دانلود کردید ناقصه.
http://barnamenevis.org/forum/attachment.php?attachmentid=57505&stc=1&d=1285947194

[shadow666]

آقا شما نسخه 09 رو اصلا ندارین؟ گفتم شاید تست کرده باشین. خب من کسی رو نمیشناسم که اصلا اینو اجرا کرده باشه شاید مشکل داشته باشه.

الان دارم میگردم ببینم نسخه لینوکس 03 رو پیدا میکنم که تست کنم. برای لوگین به نظرم این کارا رو بکنم

touch .login
g09root=/usr/local/gaussian/ GAUSS_SCRDIR=/scratch/$USER export g09root GAUSS_SCRDIR . $g09root/g09/bsd/g09.profile
source .login
امیدوارم چرت و پرت ننوشته باشم.

[Babak.Hassanpour]

من این نسخه شما رو گرفتم.نسخه های دیگری رو هم خودم از نت دانلود کردم.اینهایی که من پیدا کردم مشکل عدم تطابق معماری پردازنده داشتند(یعنی IA32 یا IA64 نبودند بلکه برای mac os x بودند.)جالبه مال شما این پیغام bad architecture رو نمیده ولی کار هم نمی کنه.به هر حال اگر نسخه g09 مناسب پیدا کردم براتون می فرستم.

[shadow666]

آقا لطف میکنی. ممنون

[farboody12]

سلام. من دارم سعی میکنم برنامه gaussian رو نصب کنم که برای رشته شیمی هست.

این برنامه بصورت سورس کد هست و باید کامپایل بشه. تو سایتش نوشته که رو نسخه های زیر نصب میشه

Red Hat Enterprise Linux 4.7, 5.3, 5.4, 5.5;
SuSE Linux 9.3, 10.3, 11.1, 11.2;
SuSE Linux Enterprise 10, 11 SP1

من نسخه های opensuse 11.2 و فدورا 10 و یه ابونتو 64 بیت دارم. ولی وقتی دستور نصبی که داره رو دنبال میکنم نصب نمیشه. مثلا یه دستور setenv داره که اصلا نمیشناسه. حالا فکر کردم شاید کامپایلرهای مناسب رو لینوکسه نیست که اینجوریه

این زوزه که دارم مناسب نیست؟ چی باید بهش اضافه کنم؟



نصب گوسین روی لینوکس
اخرین نسخه گوسین gaussian09 هست که هم برای تسخه ویندوز و هم نسخه لینوکس ارائه شده است تحت ویندوز نهایتا از ۴هسته استفاده می کند ولی تحت لینوکس می تواند تا ۱۶هسته استفاده کند بماند که خود لینوکس محاسبات را چندبرابر سریعتر از ویندوز انجام میدهد بنابراین برای دانشجویان شیمی که سرعت محاسبات در اولویت است استفاده از نسخه تحت لینوکس منطقی به نظر می رسد.گوسین تحت لینوکس حتی می تواند از نرم افزار linda استفاده کند و با cluster شدن رایانه ها با هم ،هر رایانه می تواند از ۱۶هسته استفاده نماید تمام این موارد تست شده است.نسخه ۶۴بیتی لینوکس سریعتر از ۳۲بیتی هست. اگر می خواهید بهترین نتیجه را داشته باشید باید لینوکس ۶۴بیتی نصب نمائید و نسخه ۶۴بیتی لینوکس را بریزید

همه در این لینک با توضیحات کامل

http://www.chempnu.ir/7 (http://www.farbodm.ir/567/%D8%AC%D8%B2%D9%88%D9%87-%D9%87%D8%A7/%D9%86%D8%B5%D8%A8-%DA%AF%D9%88%D8%B3%DB%8C%D9%86-%D8%B1%D9%88%DB%8C-%D9%84%DB%8C%D9%86%D9%88%DA%A9%D8%B3)