هر دو در استفاده از الگوریتم فشرده سازی دقیقا یکسان هستند و تنها تفاوتی بین آن دو اینستکه :
با استفاده از GZip میتوانید اطلاعات اضافه ای (metadata) را به قسمت header و footer فایل خروجی اضافه نمایید لذا اندکی میتواند حجم خروجی آن از Deflate بیشتر شود.

بعبارت دقیقتر کلاس GZipStream یک لفافه (wrapper) بر روی کلاس DeflateStream است و روش فشردن اطلاعات در هردو کلاس مطابق تعریف RFC 1952 است.

منبع : http://msdn2.microsoft.com/en-us/magazine/cc163727.aspx