البته من تاحالا با اين روبرو نشدم، اما فکر کنم باید برای هر ساب دامین یکبار این کوکی را ست کنی، یعنی وقتی تو هر قسمتی لاگین شد یوزرت، باید چندتا setcookie براش بنویسی و setcookie ها را باید به اینصورت بنویسی:
<?php
setcookie("username", "your_username", time(), "subdomain.domain.com");
?>
و این خط بالا را چند بار برای هر سابدامینت اجرا کنی، البته شاید هم به جای subdomain.domain.com که نوشتم، اگر اسم domain.com را بنویسی بتونی برای دیگر subdomainهات کوکی ست کنی.
البته domain.com همون اسم سایتت میشه.