سلام
کاری که شما کردید فقط برای زمانی است که email client قابلیت نمایش html خود را فعال کرده باشد در غیر اینصورت در حالت text ایمیل به درستی نمایش پیدا نمی کند.
شما باید از utf-8 boundry استفاده کنید و متن خود را کد کنید. بجای این کار توصیه می کنم از کلاس phpmailer استفاده کنید داخل مثلاها توضیح داده چیکار کنید.
اگر خودتان میخواهید کد کنید مثلا متن سابجکت را بصورت زیر ارسال کنید:
$s= "=?utf-8?b?".base64_encode($s)."?=";