php زبان سمت سرور هستش و javascript زبان سمت کلاینت
یعنی وقتی شما درخواست یک صفحه رو میدی با مرورگرت اول کدای php توی سرور اجرا میشن
بعد سرور نتیجه خروجی php رو به همراه کد های html , javascript میفرسته به مرورگر کاربر و کدای html, js توی مرورگر کاربر اجرا میشن و خروجی کل رو میبینه کاربر
بستگی به سناریوت داره و باید با مثال بگی میخای چیکار کنی ولی در کل میتونی کدای js رو با php اینجوری اجرا کنی
<?php
echo "<script>('#toast').toast('show');</script>" ;
?>
ولی باید توجه داشته باشی روش اجرا اون جوریه که گفتم کدا همزمان اجرا نمیشن کدای php اول تو سرور اجرا میشن بعد کدای js توی مرورگر کاربر اجرا میشن