این طور که از پیام خطا مشخص است ورژن مورد استفاده برنامه شما 1.0.107.0 است، منتهی ورژن نصب شده در Global Assembly Cache (که احتمالا توسط SQLite/SqlCompact Toolbox نصب شده) ورژن 1.0.112.0 است و این دو با هم تطابق ندارند. ورژن اسمبلی SQLite مورد استفاده در برنامه تان را هم به 1.0.112.0 ارتقاء دهید.
یک راه حل وجود داره. از طریق برنامه GACUtil ورژن 1.0.107.0 رو از GAC پاک کنید و به جاش 1.0.12.0 رو در GAC نصب کنید.
خوبه. خدا رو شکر.