این کد رو از برنامه ای که فرستادم حذف کن
for (int i = 54; i < Smalllength; i++)
{
if (Second[i] == First[i])
Three[i] = 55;
else
Three[i] = Second[i];

}

و جاش این رو بذار

for (int i = 54; i < Smalllength; i++)
{
if (Second[i] != First[i])
count++;
}
MessageBox.Show(count.ToString());