بستگی به اینکه CSS ای که می خواین استفاده کنین چکاری می خواد انجام میشه با یه کد اون CSS رو اورد و در بعضی موارد که دیگه خیلی زیاد میشه تغییرات میان یه کپی از فایل Masterpage اولی رو توی همون پروژه ایجاد می کنن با CSS جدید
مثلاً اگه بخوایم فقط تغییرات جزئی مثل چپ چین و یا راست چین سایت رو عوض کنیم (برای سایتهای 2 زبانه فارسی و انگلیسی) از کد زیر استفاده می کنیم.
توی Head در Master page به CSS یه ID می دیم
مثل زیر
کد HTML:
<head runat="server">         <link href="Theme/RTL/Theme1/StyleSheet.css" rel="stylesheet" type="text/css" runat="server"         id="MyCss" />  </head>
و بعد توی pageload صفحه ای که می خوایم Css ای که ساختیم رو صدا می زنیم

protected void Page_Load(object sender, EventArgs e) {     MyCss.Href = "Theme/" + GetGlobalResourceObject("resource", "SiteDir") + "/Theme1/StyleSheet.css"; }