برای درست کردن فایل setup باید وقتی پروژه تون تو VS.NET باز هست منوی build رو باز کنید, و روی publish "project name" که project name اسم پروژه شماست, کلیک کنید و دستورها رو طی کنید.
من خودم فکر می کنم که با درست کردن فایل setup دیگه لازم با نسب فریم ورک نباشه. اما وقتی این همه خبره توش موندن پس حتماً فریم ورک هم تو این پروسه نسب می شه!