به نظرم از همون FASM استفاده کنید، هم به درد Linux می خوره هم Windows... ضمنا Open Source هم هست... ساختارش هم خیلی خوب طراحی شده و اگه کار با مثلا NASM یا MASM رو بلد باشید کار با این رو هم تقریبا بلدید!
سیستم عامل های تماما اسمبلی رو هم دیدم با این طراحی می کنن...