فراموش کردم بگم که rkhunter از همین روش مقایسه فایل ها با دیتابیس hash استفاده میکنه. البته در rkhunter الگوریتم SHA1 استفاده شده.
چون هم سریعتره و هم دقیقتر.
البته اگر از SHA256 استفاده کنید بهتره.