جواب سوال اول زمانی CMake استفاده می کنیم که نیاز داشته باشیم سورس OpenCV را مجدداً کامپایل کنیم و با آن options های که ما نیاز داریم به فرض نیاز به استفاده از gpu داشته باشیم که بایستی تیک های مربوط به cuda رو انتخاب کنیم و یا IPP نیاز داشته باشیم و یا اینکه نیاز داشته باشیم OpenCV را به صورت static داشته باشیم برای مواردی که نیاز داشته باشیم فقط در سمت مقصد یک dll را انتقال بدیم نه همه dll های کتابخانه OpenCV را و برعکس گاهی نیاز داشته باشید بعضی از Options ها را بردارید من خودم چون از مستندات و sample ها استفاده نمی کنم این گزینه را غیر فعال می کنم که سریع تر هم build میشه.
جواب سوال دوم شما می تونید به جای استفاده از تنظیمات پروژه از تنظیمات کامپایلر استفاده کنید و یک بار مسیر include و lib را اضافه کنید و در همه پروژه ها از آن استفاده نماید tools->options->projects & options->vC++‎ directories->show directories for گزینه inlcude filesرا انتخاب کنید مسیر inlcude ها و library files را انتخاب کنید و مسیر lib ها را وارد نماید.