با توجه به اینکه فقط می خواهید نظم بدهید راه حل زیر منطقی خواهد بود :


<configuration>

   <runtime>

      <assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">

         <probing privatePath="bin;bin2\subbin;bin3"/>

      </assemblyBinding>

   </runtime>

</configuration>

لینک منبع