سلام دوست گرامی صرف استفاده از رجیستری جهت رجیستر کردن برنامه کار درستی نمی باشد به آسانی کلید رجیسترشده در بخش رجیستری ویندوز قابل پیدا شدن هست.بهتره در کنار پروژه از یه فایل رمز نگاری شده جهت ذخیر داده های رجیستر کردن برنامه خودت استفاده کنی که این حالت امنیت بیشتری نسبت به حالت قبل دارد.
در مورد سوال شما: در startup پروژه ابتدا رجیستری رو چک کن اگر کلید مورد نظر وجود نداشت اقدام به رجیستر کردن برنامه در غیر اینصورت کلید رجیستری رو بخونه و وارد نرم افزار شود.