اگر درست متوجه شده باشم
باید برای body یک اسم بگذاری، اینجوری :
<body runat="server" id="body">
و اینجوری ازش استفاده کنی:
HtmlGenericControl bd = (HtmlGenericControl)Master.FindControl("body");
bd.Attributes["onload"] = string.Format("OnLoad('{0}');", x);
که یه تابع جاوا اسکریپتی به اسم OnLoad باید داشته باشی.
موفق باشید