اگر پنجره مزبور شما قراره اطلاعات رو به سرور PostBack کنه، ساده تر اینه که از iframe استفاده کنید. اگر نه، فقط بعنوان یک Hint قراره چیزی نشون بده و با زدن دکمه ای بسته بشه و کار خاصی انجام نمیده، بهتره بصورت inline استفاده کنید (این حرف به این معنی نیستش که اگر صفحه پیچیده هستش، حتما باید از iframe استفاده کنید. اما ساده تر اینه که اینکارو کنید و الا باید بر اساس Page Lifecycle در ASP.NET خودتون بسیاری از کارها رو انجام بدید).
iframe یا inline frame، اجازه insert کردن frame ای در block ای از text رو در HTML میده. برای آشنایی بیشتر با iframe ها میتونید به WC3 مراجعه کنید.
اما همه اینها رو نگفتم که شما رو بترسونم. Plugin هایی که در فوق به اونها اشاره کردم، عموما پارامتری به نام iframe دارن که وقتی اونو true میذارید، خودش از iframe برای نمایش پنجره Popup استفاده میکنه، و شما مطلقا نیازی نیست با جزییات کار آشنا باشید.
موفق باشید.