با سلام
اول باید یه کلید در رجیستری بسازیم:
RegistryKey Startup = Registry.LocalMachine.OpenSubKey(@"Software\Micros  oft\Windows\CurrentVersion\Run");


بعد باید مقدارش رو تنظیم کنیم:
key.SetValue("my_app_name", "my-app_path");


my_app_name اسم برنامتونه و my_app_path هم مسیر فایل اجرایی شماست که میخواین اجرا شه.
به همین راحتی!!
موفق باشید.