سلام

اگر قراره از DBContext مربوط به Identity استفاده کنی(IdentityDbContext) در اینصورت همون عملیاتی که گفتی رو باید در قیمت IdentityDbContext انجام بدی. یعنی اینکه بیای بصورت DbSet<> کلاس هات رو به IdentityDbContext معرفی کنی تا IdentityDbContext هم جداول مربوط به این کلاس ها رو در بانکی به در ConnectionString معرفی کردی بسازه.

این کد
PM> Install-Package Microsoft.AspNet.Identity.Samples -Pre
که گفتی استفاده میکنی تا آپدیتی اگر هست رو اعمال کنه کارش چیز دیگه ای است. قبل از اینکه نسخه Identity 2.0 بصورت رسمی ارائه این کدها که حاوی مثال هم هستند در مخزنی قرار داشتند تا علاقمندان با مطالعه اون با موضوع آشانا بشن.
اگر از Visual Studio Update 3 استفاده کنید خودش در پروژه ایجاد شده از Identity 2.0 استفاده میکنه. ضمنا برای اطمینان از بروزبودن بخش های مختلف برنامه از کد زیر میتونید استفاده کنید

PM> Update-Package