بهترین راه ممکن بکارگیری EF Code First هست به همرا ه الگوهای محبوبی مثل MVC برای وب و MVVM برای WPF
و تمام نیازمندی های یک برنامه ماژولار رو بر طرف میکنه و دست و پاگیری هم نداره و به راحتی میتونید برای برنامتون plugins تهیه کنید و بدید به کاربرتون
بگار گیری sP های سمت اسکیول سرور با رفلکشن سمت کدنویسی C#‎ منافات خوبی نداره
در روش Code First نیازی نیست ابتدا sp ها رو توی اسکیول بسازید و تخت C#‎ فراخوانی بکنید خودتون ابتدا sp ها رو توی سی شارپ و از طریق EF بنویسید و با عملیات migration اونو بفرستید سمت اسکیول سرور و توی دیتابیس ذخیره کنید