یه آرایه درست کن تو اون حلقه ای که داری اعداد رو از فایل میخونی بریزشون تو آرایه 

$file = fopen("welcome.txt","r");

$array = []; 

while(!feof($file))

{



$number = fgets($file); 



if(isset($array[$number]))

$array[$number]++;

else 

$array[$number] = 1 ; 





}

fclose($file);





var_dump($array);