سلام
نرم افزار wine توانایی اجرای برنامه های ویندوز را در لینوکس دارد، اما نه همه آنها را. در صورتی که نرم افزاری فقط از توابع API ویندوز استفاده کرده باشد اجرای آن بوسیله wine امکان پذیر است اما نمی توانید برنامه تان را با اطمینان از اجرا شدن روی لینوکس بنویسید.
ضمناً، هرچند پست شما مربوط به ترم پیش بوده اما به عرض میرسانم من وب سایت های نوشته شده با .NET 2.0 را روی لینوکس اجرا کرده ام.