شما اگر جداولی دارید که باهم رابطه ندارند (Foreign Key تعریفف نکردید) بهتر است از موتور MyISAM استفاده کنید که سریع تر هست. اما در صورت درخواست برای تعریف و ایجاد رابطه ناچار به استفاده از موتور InnoDB هستید.