متاسفانه این مشکل وجود داره و تابحال راه حلی به طور عمومی ارائه نشده، نظیر این مشکل در ساخت PDF توسط توابع مربوطه وجود داره که حل اون نیاز به کار تخصصی و با همکاری شورای حمایت از زبان پارسی در وب داره.
سلام
این فایلی که ضمیمه کردم یه کلاس دست نوشته برای حل مشکل فارسی نویسی در pdf ها هست. البته من وقت نکردم تستش کنم اما نویسندش ادعا کرده مشکل رو تا حد زیادی اما نه کاملا حل کرده.
موفق باشید